Ο σημαντικότερος και ο πιο γνωστός υδροβιότοπος με διεθνή σημασία στο νομού Σερρών είναι η Λίμνη Κερκίνη. Δημιουργήθηκε με την τεχνητή ανθρώπινη παρέμβαση στον Στρυμόνα ποταμό το 1932,οταν έγινε το φράγμα στην περιοχή του χωριού Λιθότοπου. Το 1982 λόγω τις μείωσης της χωρητικότητας της Λίμνης εξαιτίας τον φερτών υλών, από το Στρυμόνα, κατασκευάστηκε νέο φράγμα. Η Κερκίνη είναι προστατευόμενη περιοχή και αποτελεί κομμάτι του Ευρωπαϊκού Δικτύου <<Φύση 2000>>. Θαυμασμό προκαλούν τα παραποτάμια δάση, τα νούφαρα και η ποικιλία των ψαριών που αποτελούν και πηγή εισοδήματος για πολλούς κατοίκους της περιοχής. Στην περιοχή της Κερκίνης συναντούμε και πολλά είδη θηλαστικών όπως το Τσακάλι ,το Λύκο, την Αγριόγατα, τη Βίδρα, τη Νυφίτσα, την Αλεπού, το Σκαντζόχοιρο, το Ζαρκάδι, το Λαγό, το Αγριογούρουνο κ.λ.π.Η ιχθυοπανίδα είναι πλούσια αφού υπάρχουν 30 είδη ψαριών με κυριότερα τα Χέλια. Στο ευρύτερο σύστημα Κερκίνης-Στρυμόνα τα κυριότερα ειδη ψαριών με εμπορικό ενδιαφέρουν που εχουν καταγραφεί είναι ο Κυπρίνος (Γριβάδι) και η Πεταλούδα. Στην περιοχή γύρω από τη Λίμνη Κερκίνης έχουν καταγραφεί περίπου 300 είδη πουλιών. Ο Αργυροπελεκάνος και η Λαγγόνα που ζουν εκεί είναι μοναδικά στον κόσμο είδη απειλούμενα με εξαφάνιση. Παρατηρούνται ακόμη οι πιο σημαντικές αποικίες της Ν. Βαλκανικής χερσονήσου από Κορμοράνους, Χουλιαρομύτες, Χαλκόκοτες και διάφορα είδη ερωδιών.Υπάρχουν και πολλά σπάνια αρπακτικά όπως ο Χρυσαετός, ο Βασιλαετός,ενω η περιοχή αποτελεί μοναδικό πεδίο έρευνας σχετικά με τούς υδρότοπους και της διαχείριση τούς.
Τα τελευταία χρόνια η Κερκίνη γνωρίζει μεγάλη τουριστική ανάπτυξη και με την ελεγχόμενη αξιοποίηση της βοηθά και στην ενίσχυση της περιοχής. Στη Λίμνη Κερκίνη ζει και ο μεγαλύτερος πληθυσμός Βουβαλιών στην Ελλάδα: υπολογίζεται ότι ξεπερνούν τα 1500. Η Λίμνη Κερκίνη και η περιοχή γύρω από αυτή προσφέρεται για περιβαλλοντική εκπαίδευση και αποτελεί ιδανικό μέρος για την ανάπτυξη του οικοτουρισμού ώστε να συγκεντρώνει πλήθος ανθρώπων που αγαπούν τις ειδικές μορφές τουρισμού και την οικολογία.